上海交大新农村发展研究院由教育部和科技部共建，发展至今，已经成为一个集科研、推广、培训、咨询、规划为主的学校实体型单位。上海交大新农村发展研究院实行院长负责制，直属上海交大校部，下设五个常设机构组成，即办公室、现代农业技术推广服务中心、农村与区域发展战略研究中心、现代农业技术教育培训中心、浦江绿谷低碳农林实践基地。

       院长负责研究院战略发展统筹协调，执行院长受院长委托全面负责研究院各项工作，常务副院长主持日常工作。研究院设置战略咨询专家委员会和院务委员会。战略咨询专家委员会是决策咨询机构，由国家和地方政府的有关领导人、知名学者专家组成，为上海交大新农村发展研究院长远发展和战略决策提供咨询与指导。院务委员会是执行协调机构，由院长、执行院长、常务副院长、副院长、各涉农学院负责人、校有关职能部门负责人组成。院务委员会职能为：研究院的重要工作推进，协调校内、外资源整合与功能开发，协调与校外有关部门的工作关系。