根据教育部、科技部对新农村发展研究院的基本定位和身处上海国际大都市的特殊情况，以及在国内的学科综合优势和国际化平台，上海交通大学新农村发展研究院将主要围绕都市现代农业发展、都市农村民生改善和西部农村扶贫开发三大主题开展综合服务，其总体定位为都市新农村建设和农村扶贫开发的政府决策智库、综合服务主体、资源整合平台、政产学研用对接平台和人才培养培训基地。

• 政府决策智库。

       新农村发展研究院将汇集各学科、各领域的专家学者，对都市现代农业发展、都市农村民生改善和农村扶贫开58发中的重大战略问题进行长期跟踪和研讨，可为各级政府进行相关决策提供有力支撑。

• 综合服务主体。

       通过示范基地和分布式服务站，以及其他各种载体和形式，针对都市农业产业发展、都市农村民生事业和农村扶贫开发，直接面对企业、合作社、农户、农村居民、消费者等提供全方位的技术服务。

• 资源整合平台。

       根据都市农业产业发展、都市农村民生改善和农村扶贫开发的需要，以产业和项目为载体，将能够为之所用的各类资源，包括人才、技术、知识、资金、信息和市场等要素和资源进行整合，以推动产业发展和项目实施。

• 政产学研用对接平台。

       政产学研用的合作是新农村建设的根本推动力，而实现合作需要有一个对接平台，以协调各方行动，新农村发展研究院可以凭借资源整合能力和科技成果转化能力为政产学研用的合作提供对接平台。

• 人才培养与培训基地。

       人才是新农村建设的基本依靠，新农村发展研究院可以凭借所拥有的教育资源、技术资源，以及现代化的教学培训手段和示范基地体系，培养一大批服务新农村建设的农技推广人才、管理人才和技术人才，并可与一些职业技术学校联合开展实用技术培训。
       在都市新农村建设方面主要定位为服务上海与长三角城市群，并加强同国内其他大中城市的合作；在农村扶贫开发方面将主要配合科技部服务秦巴山区集中连片特困地区。